军统文书科司书分别三类甲乙丙
一、军事处，也称第一处，主管军事情报及国际情报，下设军事科，负责对汪伪武装进行军事策反工作；国际科，负责国际情报，布置搜集有关中国抗战的国际情报兼及国统区外事活动；考核科，负责核派军事人员；档案科；收发科。
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二、情报处，也称第二处，这是军统局最为重视的部门，主营项目是党政情报和中共情报，先是摘报研究，而后进行处理分类，逐项分析，并提出处理意见，分别报送甲乙丙丁等，报甲是送给蒋介石，报乙是送给何应钦，报丙是送戴笠，报丁是交秘书处存档备核。情报处下设中共科、经济科、警务科、考核股、档案股、收发股。中共科负责搜集共产党抗日情报，以及共产党在国统区的活动，并策划对中共组织进行破坏活动；经济科为战时经济制定政策，搜集有关经济动态的资料，进行研究和报送。
三、行动处，也称第三处，负责军统特务行动板块，每逢有任务执行，都由行动处事先进行策划和部署指挥。行动处下设行动科、航检科，其中行动科是军统局内部最重要部门，各地行动队、爆破队的成立都要经该科研究决定，各地外勤组织布置暗杀、纵火等行动，也要由该科具体计划安排。航检科则负责航空检查和发放搭乘飞机通行证，控制航空乘客。