002董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
005新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏
013奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
118 浪花连续杀人事⊥件（组织成员邵渊己一郎第一次登场）
128黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
128 黑衣组织十亿元抢劫事⊥件
129 来自黑暗组织的女子大学教授杀人事⊥件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场一视同仁胁迫事⊥件（前篇）（灰原的话留下谜团）
131竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
131 竞技场一视同仁胁迫事⊥件（后篇）
170 黑暗中的死角（前篇）（重要铺垫！）
171 黑暗中的死角（后篇）
176与黑暗
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
177与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
178与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活侦探队洞窟遇难记
188性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活名侦探负伤记
189危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活第三个选择
190危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活黑衣骑士
191危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活新一回来了
192危命的复活_新一回来了
193 危命的复活约定的地点
193危命的复活_约定的场所
222 人鱼失踪记（事⊥件篇）（岛上签名簿出现宫野志保的名字）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
226 格斗游戏的陷阱（前篇）
226 格斗游戏的陷阱（前篇）
226格斗游戏的陷阱（上集）（茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（后篇）
227 格斗游戏的陷阱（后篇）
227格斗游戏的陷阱（下集）薇多莉亚的秘密
230 迷一样的乘客（前篇）
230谜一样的乘客（上集）（赤井秀一出场，形势复杂）
231 迷一样的乘客（后篇）
231谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（柯南得知琴酒是左撇子）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
253 总局**恋爱物语4（前篇）
254 总局**恋爱物语4（后篇）
258 来自芝加哥的男子（前篇）
258 来自芝加哥的男子（上集）（詹姆斯·布兰克出场）
259 来自芝加哥的男子（后篇）
259来自芝加哥的男子（下集）
266 情人节的真相（事⊥件篇）
267 情人节的真相（推理篇）
268 情人节的真相（解决篇）
269 犯罪的纪念品（前篇）
269-270犯罪的遗物（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的纪念品（后篇）
271 隐藏匆忙中的省略（前篇）
271-272急忙掩饰的忽略（灰原被怀疑，形势危急）
272 隐藏匆忙中的省略（后篇）
274 幽灵屋的真相（前篇）
275 幽灵屋的真相（后篇）
277 英语教师VS西部名侦探（前篇）
277-278英语教师VS西部名侦探（柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（后篇）
279-280迷宫的阴暗（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
284 中华街的雨中幻影（前篇）
285 中华街的雨中幻影（后篇）
286 工藤新一纽约事⊥件（事⊥件篇）
286-288工藤新一纽约事件（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
287 工藤新一纽约事⊥件（推理篇）
288 工藤新一纽约事⊥件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）
290 光彦森林迷失记（后篇）（邵渊己一郎第二次出场）
307 没有声音的证词（前篇）
307无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 没有声音的证词（后篇）
308无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
309-311与黑暗组织的接触（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）310 与黑暗组织的接触（追迹篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
312 夕阳染红的女儿节娃娃（前篇）
313 夕阳染红的女儿节娃娃（后篇）
329-330金钱买不到的友情（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 335 东都现象所的秘密（前篇）
335-336东京现影所的秘密（灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东都现象所的秘密（后篇）
338 四台保时捷（前篇）
338-339四辆保时捷（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
339 四台保时捷（后篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
340-241厕所里隐藏的秘密（灰原在厕所中到了妈妈留下的录音留言）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
343-344便利店的陷阱（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 与黑暗组织的直面对决满月之夜的二元推理
345直面黑组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，346-347寻P股上的印记（为上一集善后）
361 帝丹高中校园灵异事⊥件（前篇）
361-362帝丹高中的学校怪谈（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中校园灵异事⊥件（后篇）
371 无言的航线（前篇）
372 无言的航线（后篇）
374星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但375星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（boss的手机号被发现，斗争新动向）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）
394 诡异宅院大冒险（封印篇）（柯南推理出Boss邮件地址）
394-396怪屋大冒险（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 诡异宅院大冒险（机关篇）
396 诡异宅院大冒险（解决篇）
400心存疑惑的小兰（小兰又一次怀疑柯南的身份，但是被柯南迎刃化解）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间（水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
425 黑的冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
427-428充满神秘的上学路（本集中和灰原哀长相相像的一个学生突然失踪，引发柯南的一系列猜想，最终429-430无法回到从前的两人（本堂瑛佑出场）
429 无法回头的二个人（前篇）
430 无法回头的二个人（后篇）
462 黑暗组织的影子年幼的目击者
462黑暗组织的影子年幼的目击者（本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463黑暗组织的影子奇妙的照明
463 黑暗组织的影子奇妙的照明
464黑暗组织的影子谜样的高额报酬
464 黑暗组织的影子谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子珍珠的流星
465 黑暗组织的影子珍珠的流星
484 黑照片的去向（前篇）
484-485黑照片的去向（前篇）
485 黑照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞开端
491红与黑的碰撞开始（最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞血缘
492 红与黑的碰撞血缘
493 红与黑的碰撞疾呼
493 红与黑的碰撞绝叫
494红与黑的碰撞冥土
494 红与黑的碰撞冥土
495 红与黑的碰撞昏睡
495 红与黑的碰撞昏睡
496红与黑的碰撞侵入
496 红与黑的碰撞侵入
497 红与黑的碰撞觉醒
497 红与黑的碰撞觉醒
498红与黑的碰撞搅乱
498 红与黑的碰撞搅乱
499红与黑的碰撞伪装
499 红与黑的碰撞伪装
500红与黑的碰撞遗言
500 红与黑的碰撞遗言
501 红与黑的碰撞嫌疑
501 红与黑的碰撞嫌疑
502 红与黑的碰撞洁白
502 红与黑的碰撞洁白
503红与黑的碰撞决死
503 红与黑的碰撞决死
504 红与黑的碰撞殉职
504红与黑的碰撞殉职（第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。509红白黄与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出510 柯南VS W暗号之谜
508 卡拉OK包房的死角（后篇）
509 红白黄与侦探团（冲矢昴登场）
510 柯南VS双重暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
511推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯，工藤新一
522-523 新一的真实身份与兰的眼泪
524-525令人憎恨的蓝火花（顺利破案，柯南和昴配合默契）
54 电玩公司杀人事⊥件
542 让鱼儿消失的一角岩（前篇）
542-543让鱼儿消失的一角岩（冲矢昴的言语直逼灰原）
543 让鱼儿消失的一角岩（后篇）
547 与犯人共度的两天(第一天)。柯南被挟成人质，不过有惊无险。
558死亡之馆赤壁(三顾之礼)
559死亡之馆赤壁(掌中之物)
560死亡之馆赤壁(孔明之死)
561死亡之馆赤壁(空城计) 死亡之馆系类比较经典！
563 侦探团VS劫匪团骚动
563-564侦探团VS强盗团（疑似赤井秀一的人登场)
564 侦探团VS劫匪团沉默
578 召唤危机的红前兆
578召唤危机的红预兆（FBI在寻秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑13的暗示
579黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑）
580 逼近的黑之时限
580紧迫黑的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。581红的摇摆目标（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，GIN准备让基安蒂对假拌赤井的波本进行狙616-621伦敦篇系列（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
581 摇曳的红目标
623紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡）
646-647幽灵旅馆的推理对决（世良真纯出场）
648-650侦探事务所笼城事件（世良真纯调查柯南，怀疑柯南和工藤新一有某种特殊关系）
651东西名侦探推理对决（最后茱蒂，卡梅隆，詹姆斯出现，詹姆斯明明认识世良真纯，一眼就认出她是656-657博士的视频网站（世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的667-668结婚前夜（安室透登场）
671-674侦探们的夜想曲（简单的案件引出了波本，安室透、世良真纯、冲矢昴他们互相见面，感觉很诡异；675-676差1毫米都不行（里边提到了上集的一些内容，让灰原哀想到了冲矢昴和诸星大{也就是赤井秀一}
681-683赌上性命的恋爱转播（开始少年侦探团在警视厅遇到了安室透，安室透说话比较诡异，进一步介绍684-685泡泡、热气和烟（剧中提到了灰原哀对冲矢昴的认识：就是前几集提到的认为他是赤井秀一扮的；
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