第1届：吕应中（1949年4月29日当选）
第2届：林寿屏（1949年10月当选）
第3届：徐乃明（1950年3月28日当选）
第4届：凌瑞骥（1950年7月当选）
第5届：（1951年3月11日当选）
第6届：邵 敏（女）（1951年9月当选）
第7届：方耀堂（1952年夏当选）
第8届：张慕葎（1953年春当选）
第9届：张慕葎（1959年9月19日当选）
第10届：林 泰（1954年3月13日当选）
第11届：潘霄鹏（1955年3月13日当选）
第12届：谭浩强（1956年3月11日当选）
第13届：谭浩强（1956年3月17日当选）
第14届：潘丽华（女）（1959年3月21日当选）
第14届：曾 点（女）（1969年3月当选）
第15届：俞纪美（1962年4月7日当选）
第16届：张福森（1964年3月19日当选）
第18届：戴桂兰（女）（1974年2月8日当选）
第19届：（空缺）——因“四人帮”破坏，本届学生代表大会虽正常召开，但并未选出主席。
第20届：彭顺生（1978年6月20日当选）
第20届：孙建京（1979年4月当选）
第21届：林炎志（1980年12月12日当选）——林炎志是第一位由全校学生普选产生的学生会主席，这种空前民主的选举方式在当时造成了轰动。
第22届：宋 军（工程力学系）（1982年9月24日当选）
第23届：赵 艰（1983年9月16日当选）
第24届：杨振斌（工程物理系）（1984年10月当选）——他最先提出学生会要成为“同学之家，师生之桥，干部之校”，这12个字作为清华大学学生会的宗旨一直沿用至今。
第25届：郭 谦（汽车系）（1985年9月27日当选）
第26届：潘福祥（经管学院）（1986年5月23日当选）
第27届：郭宏林（1987年5月14日当选）
第28届：方 方（1988年5月12日当选）
第28届：杨红征（计算机系）（1989年10月当选）
第29届：杨 岳（精仪系）（1990年3月26日当选）
第29届：苏 辉（1991年5月16日当选）
第30届：吕运强（1992胡雪盟年5月17日当选）
第30届：尹 霞（女）（计算机系）（1993年3月当选）
第31届：蔡 涛（材料系）（1994年4月16日当选）
第31届：孙勤芳（女）（电子系）（1995年3月27日当选）
第32届：石 磊（电机系）（1996年4月7日当选）
第32届：杜汇良（汽车系）（1997年4月11日当选）
第33届：孟华东（电子系）（1998年5月16日当选）——就在孟华东卸任前几天，发生了以美国为首的“北约”悍然轰炸我驻南联盟大使馆事件，清华学生义愤填膺，集体上街游行示威，到美国驻华使馆门前请愿抗议，期间也发生了一些过激行为，对此，孟华东以大局为重，坚定不移地贯彻中央有关精神，根据上级指示，积极疏导学生情绪，坚持正确的舆论导向，较好地把握了分寸，表现得相当成熟。
第33届：王 勇（精仪系）（1999年5月15日当选）
第34届：申 跃（女）（土木系）（2000年5月15日当选）——作为清华近10年来唯一的女学生会主席，申跃具有独特的个人魅力，其长发飘飘的潇洒形象给许多人留下了极深刻的印象。2001年4月29日，在庆祝清华大学建校90周年大会上，申跃在全场近6000名海内外校友、嘉宾和师生员工代表面前、在主席和总理面前以学生代表的身份发言，展现了清华学子的风采。
第34届：孔 磊（汽车系）（2001年5月25日当选）——孔磊任期内发生了震惊全国的清华学生刘海洋伤熊事件，该事件在社会上造成了极坏的影响，严重损害了清华大学的声誉。那段时间，孔磊临危不乱，四处奔走斡旋，协调各方面关系，密切配合王大中校长等校领导，
密切配合校党委和校团委，开展大规模的公关活动。他组织全校师生开展捐款和签名活动，并发表了《致北京动物园的一封信》。这场危机最终得以化解，孔磊功不可没。
第35届：阳 波（水利系）（2002年6月1日当选）
第35届：王松涛（土木系）（2003年6月19日当选）
第36届：郑晓博（计算机系）（2004年6月6日当选）——郑晓博曾以能向校方反映学生呼声、为广大同学维权著称，但在2005年3、4月间发生水木清华BBS事件时，郑晓博虽坐镇清华，却未能稳住动荡的局势，在事件的全过程中，学生会的反应都相当迟钝和暧昧，郑晓博甚至没有公开露面，大有明哲保身之意。对于郑晓博的“不作为”，许多学生感到愤怒和不满。
第36届：李冠华（精仪系）（2005年6月2日当选）
第37届：毛 捷（法学院）（2006年6月3日当选）
第37届：郝 瀚（汽车系）（2007年6月7日当选）
第37届：药 宁（工业工程系）（2008年4月26日当选）
第38届：张昭遂（电机系）（2008年12月21日当选）
北京大学改革开放后历任学生会主席
1980：张 炜，中文77级，现任牛津大学中国经济研究中心主任。
1981：潘维明，中文77级
1983：王 琦，历史80级
1984：刘能元，经济81级，现任天津证监局局长。
1985：王晓蒙，地质82级，现任易达讯网络科技有限公司首席运营官。
1986：李明春，法律83级，现任北大青鸟集团副总裁。
1987：陆 昊，经院85级，现任团中央书记处第一书记。
1988：周燕军，法律85级，现任潍坊北大青鸟华光股份有限公司董事长。
1981：潘维明，中文77级
1983：王 琦，历史80级
1984：刘能元，经济81级，现任天津证监局局长。
1985：王晓蒙，地质82级，现任易达讯网络科技有限公司首席运营官。
1986：李明春，法律83级，现任北大青鸟集团副总裁。
1987：陆 昊，经院85级，现任团中央书记处第一书记。
1988：周燕军，法律85级，现任潍坊北大青鸟华光股份有限公司董事长。
1990，陈 伟，地质87级，
1991：赵晨昕，政治学88级
1993：陈光洁
1994：马化祥，地质91级，现任北京大学学生工作部部长。
1995：张 菁，国政91级
1996：张瑞刚，经院92级
1997：翁贺凯，哲学94级，现在香港科技大学任教。
1998：简 易
1999：吕晨飞，经院96级，现任北京大学学生工作部副部长。
2000：徐 晴，法学院97级，
2001：邢 袆
2002：阮 草，政管99级，现任北京大学团委社会实践与志愿者部部长。
2003：朱 凯，经院00级，现任北京大学团委文化体育部代部长。
1991：赵晨昕，政治学88级
1993：陈光洁
1994：马化祥，地质91级，现任北京大学学生工作部部长。
1995：张 菁，国政91级
1996：张瑞刚，经院92级
1997：翁贺凯，哲学94级，现在香港科技大学任教。
1998：简 易
1999：吕晨飞，经院96级，现任北京大学学生工作部副部长。
2000：徐 晴，法学院97级，
2001：邢 袆
2002：阮 草，政管99级，现任北京大学团委社会实践与志愿者部部长。
2003：朱 凯，经院00级，现任北京大学团委文化体育部代部长。
2004：廖 望，国关01级，
2005：刘 凯，哲学02级，现任全国青联副主席、全国学联主席、北京大学团委书记助理。
2005：刘 凯，哲学02级，现任全国青联副主席、全国学联主席、北京大学团委书记助理。
2006：白小龙，元培03级，现为北京大学政府管理学院2007级硕士研究生。
2007：高 翔，外语04级
2007：高 翔，外语04级
2008：张 度，国关05级
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